Майкл возвращает Никиту к жизни и любви после экспериментов Отдела над ее психикой (под воздействием препаратов Никита едва не убивает Майкла!). Но как только Никита возвращается к работе, ей тут же навязывают «Брачную миссию» (Никита становится девушкой торговца оружием, и неожиданно для себя влюбляется в свой «объект», но этой призрачной надежде на счастье не суждено сбыться). Тем временем неизвестные жестоко расправляются с семьей, в которой живет сын Майкла, но сам мальчик, благодаря вмешательству Майкла, остается невредим. У Шефа и Мэдлен начинаются трудности с куратором Отдела - тот крайне не доволен работой Отдела и, не без оснований, считает организацию уязвимой (в этом сезоне Отдел подвергается химической атаке из вне, а затем компьютерная система дает сбой, который приводит к смерти Биркоффа). Майкл и Никита сбегают из Отдела, и почти полгода живут нормальной жизнью как муж и жена. Но как только страх «быть пойманными» почти исчезает из их душ, Отдел находит беглецов. Майкла и Никиту пытают, и они оба уже готовы умереть, но тут вмешиваются куратор отдела и недоброжелатели Шефа и Мэдлен. В итоге все становится с ног на голову: в кресле для пыток оказывается Мэдлен, которая унижениям предпочла проглотить капсулу со смертельным ядом; Никита занимает один из руководящих постов в Отделе и... позволяет Майклу скрыться, чтобы воспитывать сына.