Первый сезон (1997 год)
Бездомная девушка Никита совершает преступление, пытаясь защитить свою жизнь. Каково же удивление юной Никиты, когда она приходит в чувства не в полицейском участке, а в странном помещении с белыми стенами. Никите объясняют, что у нее есть выбор: исчезнуть с лица земли или стать рекрутом секретной антитеррористической организации «Первый отдел». «Первый отдел» - самая засекреченная правительственная организация, созданная для борьбы с терроризмом; штаб находится в заброшенных шахтах метро и оборудован новейшими технологическими средствами. После того, как Никите показывают фотографии с ее собственных похорон, девушка соглашается на работу. Никиту знакомят с ее наставником - холодным и бессердечным Майклом, который учит Никиту всем тонкостям работы в отделе. Вскоре Никита участвует в первой операции «Первого отдела» и впервые сознательно убивает человека. Девушке претит то, чем она вынуждена заниматься, и Никита не перестает думать о побеге. Тем временем, в организации у нее появляются друзья, и незаметно для себя самой - в сердце Никиты расцветает чувство к Майклу, котрого она так старается ненавидеть. Их симпатия взаимна (тем более, что молодые люди часто работают вместе под прикрытием, изображая супругов), но в «Первом отделе» запрещено любить, а у Майкла вечно закрыта душа. Первый сезон заканчивается тем, что Никите все-таки удается скрыться от «Первого отдела», убедив всех, что она погибла при выполнении задания. Майкл безутешен - ведь несколько лет назад он подобным образом потерял жену! - но чуть позднее Майкл пускается на поиски следа Никиты...