Второй сезон (1998 год)
Майкл находит Никиту и возвращает в Отдел (а себя - к жизни), но перед этим Майкл и Никита проводят несколько дней вдвоем, наслаждаясь временной свободой; они признаются друг другу в любви. Вдвоем Майкл и Никита убеждают «Первый отдел» в том, что все это время Никита находилась в плену, но даже под пытками не раскрыла тайну организации; руководство допускает Никиту к работе, но отношения между Майклом и Никитой становятся невозможными. Попутно у Отдела возникают проблемы с безопасностью не только от рук террористов: происходит регулярная утечка информации, выше стоящие структуры посылают в отдел своих наблюдателей; а в предательстве подозревают абсолютно всех: друзья перестают доверять друг другу, враги становятся вынужденными союзниками... Никита знакомится с таинственной женщиной Эдриан, которая была "матерью" первого и остальных отделов, и узнает о том, что «Первый отдел» - не такая уж справедливая и честная организация, а единственная подруга Никиты «вне отдела», девушка по имени Карла - агент другой спецслужбы, и живет с ней по соседству совсем не случайно. Никита шокирована, и соглашается работать на Эдриан с целью вывести «Первый отдел» на чистую воду. Теперь Никита ведет двойную игру, и не может доверять даже Майклу.
